高钙牛奶可以加热，但是温度不要过高。当牛奶加热至80℃时，牛奶中的磷酸可和钙结合，形成不溶物，进而导致牛奶中的钙含量降低。加热至85℃时，蛋白质微粒就会出现轻微的脱水现象，并可出现沉淀。牛奶煮沸到100℃，其中的乳糖就会焦化，而焦糖可诱发癌症。
高钙牛奶加热的关键是要控制好温度，的加热方式是隔水加热。将牛奶倒入杯子等容器，再放入热水中把牛奶加热，热水的温度一般不超过80℃即可。微波炉加热和用锅直接加热，都会导致牛奶营养的流失。
牛奶加热的时间越长、温度越高，其中营养的流失就越严重，主要有维生素，其中维生素C流失得厉害，其次是乳糖。如果只能选择微波炉加热，必须先将牛奶倒入微波炉专用的容器内，再用微波炉加热。
用微波炉加热牛奶一般1分钟时间就行了，高钙牛奶一般儿童和老人饮用的比较多，这些人群的肠胃需要特别的关照。如果是袋装的高钙牛奶，在100℃以下，一般的塑料不会产生问题，建议用100℃以下的开水烫温奶袋，使牛奶温热。
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