木瓜牛奶的营养价值主要来源于其中的木瓜和牛奶成分，木瓜含有丰富的木瓜酵素和维生素A，可促进胸部发育。木瓜中的蛋白酶还能促进身体对蛋白质的吸收，另外木瓜中维生素C的含量之高竟是苹果的48倍。
木瓜牛奶可以将脂肪分解为脂肪酸，木瓜中的一种酵素能够消化蛋白质，促进人体对食物的消化和吸收，具有健脾消食的功效。牛奶中含有大量的维生素A，可以有效的防止皮肤干燥及暗沉，使皮肤白皙，有光泽，长期食用有助于新陈代谢。
木瓜牛奶除了营养价值高外，还具有抗疫杀虫、淡化黑色素的作用。这是因为木瓜蛋白酶和木瓜碱具有抗结核杆菌及寄生虫的功效，因此可用于杀虫抗痨。牛奶中所含有的乳清对消除黑色素有非常好的作用，可以防治多种色素沉着引起的斑痕。
木瓜中的凝乳酶具有通乳的作用，木瓜碱还具有抗淋巴性白血病的功效。牛奶中含有钙、钾、磷等多种矿物质，因此木瓜牛奶具有通乳、减缓骨质流失的功效。木瓜牛奶的营养价值高，绝经期前后的中年妇女经常喝木瓜牛奶对健康十分有益。