天然无壳瓜籽的加工工艺虽然不复杂，但要求每个环节都要做到细致。天然无壳瓜籽的加工工艺主要包括以下几项分别是：初选、打磨、筛选、次取石、清洗、烘干、分级筛选、第二次取石、第三次取石、选别、包装入库。
1 初选
原料入初选机选除原料中颗粒较大的杂质及粉尘等物。
2 打磨
再进入打磨机，采用物理摩擦的方法，磨下粘附在瓜籽表面的种膜等遗物。
3 筛选
然后进入比重筛选机，进一步筛除其中的杂质和不饱满的瓜籽，只让饱满的瓜籽进入下一个工序即次取石。
4 次取石
取石工艺很关键，在整个工艺流程中，应有三次取石的过程，否则，会在终的产品中遗留下石头、玻璃碎片等恶性杂质。所以一定要选择性能好的去石机。
5 清洗
次取石后瓜籽进入清洗机，用流动的清水清洗干净瓜籽表面的全部污物以及粘结在瓜籽上的瓜瓤。清洗时要求用流动的水，而且水流的方向要和瓜籽推进的方向相反，这样清洗后的瓜籽才能保持洁净。清洗干净的瓜籽首先要通过振动抖水机抖去表面的水分，然后再进入烘干箱烘干。
6 烘干
烘干箱应选择不锈钢履带连续供料式烘干箱，烘干的温度应控制在80摄氏度以内，根据温度的不同，调节履带的运行速度，温度高时履带速度快，温度低时履带速度要慢，烘干箱烘干后送出的瓜籽水分含量通常在8%左右。