巴氏奶和常温奶的区别在于灭菌方法不同，常温奶超高温灭菌是在135℃~150℃的高温下，将生牛奶进行4~15秒的瞬间灭菌处理，完全破坏其中可生长的微生物和芽孢，将牛奶中的有益和有害微生物全部杀死，达到商业无菌的要求，再经无菌灌装等工序，获得6-12个月的保质期和常温保存条件。
巴氏奶又称鲜奶或低温奶，采用巴氏消毒法加工而成，特点是采用72℃~85℃的温度杀菌，由于其热处理条件温和，充分保持牛奶的鲜度，程度保留了牛奶中的营养物质和免疫活性物质，而且乳钙变性程度小，更容易被吸收，已成市场主流。但巴氏奶的保质期仅15天以内，需要低温冷藏保存。
专家表示，巴氏奶中虽然有害菌都被杀灭，但依然存活着一定数量的微生物，从加工到储存、从配送到销售必须全程冷藏，直到饮用入口。因此，从超市买回的巴氏奶，必须时间放入冰箱内冷藏。开启后未饮完的牛奶，应及时封好口后冷藏，且需尽快喝完。
用巴氏消毒法消毒的“均质”牛奶，是在相对低温的环境下进行的，保质期往往比较短，但用这种方法消毒可以使牛奶中的营养成分获得较为理想的保存，牛奶B族维生素的损失仅为10%左右，这是目前世界上的牛奶消毒方法之一。
所谓“均质”，是指牛奶加工中的一种新工艺，通过把牛奶中的脂肪球粉碎，使脂肪充分溶入到蛋白质中去，从而防止脂肪黏附和凝结，更利于人体吸收。以上便是巴氏奶和常温奶的区别，日常生活中我们在喝牛奶的时候，要避免高温加热，以减少维生素的损失。
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