2016年以来，自治区食药监局认真贯彻落实自治区党委、政府和国家食药监总局的决策部署，积极经济发展新常态，全面落实“放、管、服”改革要求，在全区范围内大力实施食品经营许可“两证合一”改革。记者从自治区食药监局了解到，“两证合一”工作开展一年来，实现了商户许可程序“简”、办证速度“快”、窗口服务“优”的目标，取得了明显成效。目前，全区食品经营户共48000余户，“两证合一”实施率达到88％。
2016年6月28日西藏正式启用新版《食品经营许可证》，取代原有的《食品流通许可证》和《餐饮服务许可证》。记者了解到，为确保全区食药监管系统依法、依程序、依时限完成食品经营许可的申请受理、材料审查、现场核查等工作，进一步防范食品经营许可风险，发现并纠正食品经营许可管理工作中存在的问题，自治区食药监局及时研究各地在食品经营许可管理工作中遇到的困难和问题，通过督查督办及创建微信交流群等方式进行指导。
自治区食药监局相关负责人表示，下一步将开发建成“西藏自治区食品经营许可管理系统”，实现食品经营许可的网上申请、受理，为审查、核准、发证、查询、统计等提供信息化平台，简化审批流程，方便群众办事。同时及时梳理汇总西藏食品经营的模式与特点，认真分析农牧区各类食品经营异常状态，研究探索有针对性的办法措施，切实破解食品经营许可工作中的疑点难点，消除风险隐患。