首先应该明确，酸奶和乳酸菌饮料是完全不同的两种食物。酸奶是用乳酸菌接种在牛奶中发酵而成的，属乳制品，蛋白质含量高于2.7%。乳酸菌饮料是以酸奶为原料，用发酵得到的某种或多种乳酸菌，加入辅料调配后制成，可分为活性和非活性两类。活性乳酸菌饮料的蛋白质含量虽然只有酸奶的1/3左右，但所含的益生菌耐酸性和生长活性却更强，有很好的肠胃保健功能。而常温下保存的“稀”的酸乳饮料，大多是“非活性乳酸菌饮料”，只是口味较好，没有什么保健功效。
如果只是将活性乳酸菌饮料当水喝，那什么时候都可以。但如果想发挥其助消化的作用，就不应空腹了。因为此时，胃中pH值较低，不适宜活性乳酸菌的存活，保健作用会大打折扣。因此，建议饭后2小时饮用，效果较好。