蜂蜜水含有一定的糖分，不是以单纯水的形式存在的。饮用后，蜂蜜中的果糖需要经过人体代谢转化为葡萄糖，这样才能被人体吸收利用。如果早晨空腹喝蜂蜜水的话，就失去了杯水清扫身体内环境的作用了。
用蜂蜜水作为杯水，不能有效地为机体细胞补充水分，排尿时间相对于比白开水来说要慢一些，的功效也有所降低。此时体内的废弃物没有得到，又要接受新的物质，新物质与废弃残渣混合，就会影响体内的代谢吸收过程。