从营养的角度说，喝酸奶也讲究时间，喝多了还会给身体带来负面效果。饭后喝有利于吸收营养。一般来说，饭后30分钟到2个小时之间饮用酸奶效果最佳。
人的胃液酸碱度的PH值通常在1-3之间，空腹时的PH值在2以下，而酸奶中活性乳酸菌生长的酸碱度PH值在5.4以上，如果在空腹时喝酸奶，乳酸菌很容易被胃酸杀死，其营养价值和保健作用就会大大减弱。饭后两小时左右，人的胃液被稀释，PH值会上升到3—5，这时喝酸奶，对吸收其中的营养最有利。
晚上喝酸奶最有营养。酸奶是食物中钙的良好来源，从补钙的角度看，晚上喝酸奶好处更多。因为晚间12点至凌晨是人体血钙含量最低的时候，有利于食物中钙的吸收。同时，这一时间段中人体内影响钙吸收的因素也较少。虽然牛奶中也含有很高的钙，但与它比起来，酸奶中所含的乳酸与钙结合，更能起到促进钙吸收的作用。