食品类管理体系本身是一个动态管理的过程，它的内涵也在不断地延伸和丰富，企业通过食品类质量体系认证并不能说明企业就是完全按照食品类质量体系进行管理。因此，如何做好已通过食品类质量体系认证企业的监督管理，帮助和督促企业领会食品类质量体系的实质，克服重硬件轻软件、重结果轻过程、重形式轻效果、重眼前轻长远等问题，确保企业按照食品类质量体系体系生产，是认证机构面临的重要工作。将企业常出现的问题予以整理、归纳，建议年度监督审核应抓住以下10个重点问题，以巩固食品类质量体系认证成果。
1、为了认证而认证的思想不同程度地存在，实际运行管理与认证情况相差甚远
食品类质量体系认证虽不是直接关系到企业的生死存亡，但为了争取高端客户、国外客户。一些企业必须推行食品类质量体系认证。因此。从图纸的设计、厂房仓储的规模、设备的选择、人员的配备等方面均停留在认证检查的条款上。如：在食品类质量体系推行过程中，不少硬件需作出改造，为了节约投资，企业在食品类质量体系改造时，减少清洁区、车间和仓库面积，购置小型化设备。工艺设置不合理等情况不同程度存在闭。导致企业在实际生产时，厂房设计与实际生产工艺不符：原辅料仓库难以满足生产需要；阴凉库面积小，物料只能存放在普通库房；设备选型不合理，只有重新选购设备等等。按“条”索骥，脱离企业生产实际。特别需要注意的是，申请食品类质量体系认证时，大多数企业会将现场审核日期申请在淡季，这时产量很少，生产比较规范。容易管理，通过认证相对容易些。一旦大规模生产就会出现一系列问题。如一些企业车间内原辅料、半成品积压、清场不彻底；空调净化系统、水系统不按规定运行和检测：少数企业为了认证。将不能开展的检验项目委托给有关单位，但由于种种原因，委托检验流于形式等现象屡见不鲜。
年度监督审核时，审核员要根据其生产周期性特点，考虑企业旺季时生产情况。有针对性地提出问题。严格要求其逐条进行整改，适时地提醒企业：一是摒弃食品类质量体系认证后就万事大吉的思想，将食品类质量体系贯穿于食品生产管理的全过程。二是转变观念。将实施食品类质量体系作为企业的自觉行动，由“要我干”变为“我要干”。三是要认识到食品类质量体系要求不是企业生产管理的标准，应该在实际生产中不断提高完善。四是要根据生产实际，对有关参数进行修订，对仪器设备进行必要的调整更新。
2、主要管理人员流动频繁，员工培训流于形式
食品生产企业实施食品类质量体系，人员是关键，对人员的素质要求较高，技术人员和管理人员除必须具备相关的技术知识和学历外，还应有一定的食品生产和卫生管理的实践经验。目前常见的问题较多，具体表现在：其一。主要管理人员流动频繁。我国推行食品类质量体系认证的时间较短，食品生产企业数量多，低水平重复情况较普遍，具有食品相关知识及有食品类质量体系管理经验的人员匮乏。一些偏远、效益不好的企业更是难觅相应的人员。这就促使一些通过培训，掌握一定食品类质量体系知识的技术人员或管理人员流动。这些对食品类质量体系认证比较熟悉的技术人员，在食品生产企业中搞完一家认证就挪一个地方，称为“走穴”。也有的企业，从外单位临时借用或聘用技术人员，或者委托相应的中介机构安排人员来帮助企业认证。认证通过，就辞退高薪引进的技术骨干，不能企业持续按照食品类质量体系认证标准进行食品生产和食品管理，所制定的各类文件不能有效地贯彻和实施。到年度审核时。企业组织机构图和岗位职责文件中。已调离人员的名字仍在岗在册，有其名而无其人，而企业往往以此人生病或者出差搪塞审核人员；其二，员工培训流于形式。一些企业往往把员工培训当做一种形式，以应付食品类质量体系认证现场审核，没有真正达到培训的目的。员工培训档案几乎看不到新的培训考核资，或者只有一次近期的培训考核记录，特别是缺少生产操作入员和质量检验人员的岗位技术培训考核记录。一些岗位操作人员对本岗位应知应会和岗位SSOP的规定不熟悉，有些管理人员对职责范围的要求不了解，培训没有针对性。
年度监督审核时，应重点了解企业全员是否具有食品类质量体系意识，岗位人员SSOP的内容是否掌握等。
3、现场管理混乱。出现认证“回潮”现象
食品类质量体系是动态的，监督实施食品类质量体系也必须随着科技水平的提高而不断发展创新。当前，一些企业对食品类质量体系的实质理解还不够透彻，个别企业取得食品类质量体系证书后，便放松了现场管理，存在“回潮”现象。如：XX凉果，在食品类质量体系审核前基本能按照认证要求对原料、辅料、包装材料等进行管理，但在通过认证审核后，该企业主管认为包装物料的管理多余，没有必要太严格，放松审查物料供应商的资质。对直接接触食品的包装材料供方不审查，只清洗不。认为包装材料属次要物品，只要不散放就干净，没认证之前一直是这样做的，不会对食品造成污染。（HACCP公众号不错）结果今年该企业产品出口时被检验检疫局实验室验出了连续几批微生物超标。
年度监督审核时，要重点检查进料和生产过程的检查和抽查记录，注意生产工艺、关键控制点，防止改变工艺、数据不实、中间品不检或少检验等现象的发生；关注企业易忽视的包装物料的购买、清洗、全过程的记录等。
4、文件可操作性不强，修订不及时
文件是食品类质量体系实施的，文件质量反映一个企业的管理水平。目前很多企业对文件只重形式。不重内容，根本不结合企业自身生产和管理的实际情况进行编写，有的企业甚至盲目地从外面购买软件。导致食品类质量体系文件与企业实际脱节，目前常见的问题较多，具体表现在：其一，文件管理混乱。发放控制体系不严密，随处可见受控文件；其二，一些管理文件、生产工艺规程或标准操作规程不按规定及时修订，随意变更，或是采用夹纸条、徒手等形式更改；其三，文件可操作性较差，有时实际流程已作变更，但文件未跟随改动。流程描述与实际不符。