近，转基因食品的安全问题大讨论也越来越受到国人的关注，转基因食品是否安全的讨论也说法不一。据了解，我国实行转基因标识制度，列入转基因标识目录并在市场上销售的转基因生物均需标识。但是据了解，目前我国转基因食品的标识混乱，部分市售转基因食品并未明确标识。
据悉，02年出台的《农业转基因生物标识管理办法》中指出，目前国内已有5类17种在售转基因生物被列入转基因标识目录并在市场上销售，包括大豆种子、大豆、大豆粉、大豆油、豆粕；玉米种子、玉米、玉米油、玉米粉；油菜种子、油菜籽、油菜籽油、油菜籽粕；棉花种子；番茄种子、鲜番茄、番茄酱。
据悉，广安门外和宣武门的3家大型连锁超市中超8成的大豆油标识有“加工原料为转基因大豆”信息，而几乎所有品牌的调和油中，大豆油和菜籽油都标识为“转基因”。此外，以大豆为原料的豆腐、酱油、豆瓣酱等，均没发现转基因标识信息。列入转基因标识目录的番茄、番茄酱、玉米等，也均未发现转基因标识信息。除了大豆油，3家超市的调和油几乎都有转基因大豆油和菜籽油成分，并做了文字标注。而以玉米、葵花籽、芝麻等为原料的食用油中，都用较大字体标注了“”。
此外，目前含有转基因成分的食品已扩到饼干、咖啡、零食、方便面等几十个种类，大豆、玉米及衍生产品如玉米淀粉等，也经常被拿来作为食品原料或添加剂。
为何我国实行相对严格的转基因标识制度，但有的食品含有转基因成分却未明确标识？专家分析，首先是法规之间存在相互矛盾的地方，同时一些生产厂家的产品也并不合乎规定。
南开大学法学院副教授宋华琳称，现在有两部法规管理转基因标识。一个是国家质检总局的《食品标识管理规定》，规定转基因食品或者含法定转基因原料的产品，必须在标识上加入中文说明。另一个是的《农业转基因生物安全管理条例》，规定“列入农业转基因生物目录”的农产品，必须有明显标识。
据了解，两个法规间存在一些互相矛盾的问题。《农业转基因生物安全管理条例》第28条规定，“列入农业转基因生物目录的农业转基因生物，由生产、分装单位和个人负责标识”。转基因木瓜在目录之外，所以不用标识。但《食品标识管理规定》规定“属于转基因食品或含法定转基因原料的”，应在标识中标注中文说明，照此规定，转基因木瓜应该标识。
南开大学政府管理学院博士生导师程同顺认为，消费者对于食品拥有知情权，坚持并完善转基因食品标识制度至关重要，转基因食品的推广和销售要建立在充分的信息公开和群众同意的基础上。
在制度设计上，宋华琳建议，应通过修订《食品安全法》对转基因食品的管理加以规定。可考虑利用食品安全风险评估委员会机制，对转基因食品安全进行风险评估。一旦得出某些转基因食品不安全结论的，应立即采取相应措施，确保该转基因食品停止生产经营，并告知消费者停止食用。卫生部门应尽快制定转基因食品安全的国家标准，填补对转基因食品的监管“盲点”。
为了改变这种转基因标识混乱的局面，再加上法律法规之间的矛盾之处，应该完善相应的法律对其进行保准化、法律化。