一直以来三元品牌的乳制品都以口碑好，喝着放心，且牛奶样式多、品种全、受到欢迎，然而在放心和这强大数字的背后，靠的是一个三元完整的集奶牛繁育、养殖、乳品加工、物流配送和质量控制体系为一体的现代奶业产业链的支撑。
据悉，牛奶的加工生产环节是整个产业链的关键所在。三元食品把握每个关键点，包括原料奶、加工生产、包装及贮存等都做出了严格的质量控制要求，形成一套覆盖诸多领域、监管行之有效的“阳光监管体系”。
一直以来，为打造健康的放心奶，三元食品在原料奶的收购上要求近乎苛刻：对于每一批原料奶的收购，有88项指标评价原料是否合格，并引进内部第三方检测机制，推出了与标准相接轨的收购标准。同时增加了感官指标、冰点及卫生指标等检测项目，并增加了更为严格的对和体细胞的检测要求，真正做到了与国外优质原料奶的质量标准相同步。
此外，在乳品加工的全过程中，均由专人跟踪，从原料奶的验收、贮存、、灌装到成品入库，每道工序都要取样。在奶制品的生产取样中，实时取样都随着密闭的容器通过真空管道快速送达并往返，远的终端车间输送时长不超过一分钟。在品质保障上，在三元食品工业园的24小时的检验室里，70多名检验人员在不停地忙着检测每天产生的上万个数据，庞大的数据量来源于原料选择、生产加工、产品检验的各个环节。一台不起眼的冷柜保存了流向市场的每一个生产批次的三元产品样品。从超市产品的生产批号就可以追溯到产品的生产过程，这些样品在实验室里都有全部的保存，保存期限是到产品的保质期再加48小时，无任何问题后才进行销毁，了原料奶的可追溯性。
另外，在三元食品的乳制品生产管道上有一个特别装置——取样阀，牛奶在经过处理后，车间现场管理人员对每批次产品都要取样，进行感官监测，并喝下样奶，这也是三元食品从2005年开始在生产的每一个过程中都有专人品尝的程序，确保产品品质和。在产品出厂之前，三元食品至少有57项指标衡量产品是否合格，从原料奶的生产与验收、储存、、灌装，到成品入库，三元食品的工作人员都会跟踪记录任何变化，每道关键工序都会取样检测，正是秉承“只有自己敢喝，才能给消费者喝”的理念，三元食品在北京和消费者心中立起了口碑。
此外，为了牛奶的配送，三元集团引进先进的现代物流管理配送模式，拥有冷链和常温的配送功能，运用网络管理调动配送系统，使产品得以快速地进入各个销售点，把新鲜牛奶时间送到消费者手中，降低运输环节可能出现的食品污染风险。
正是以三元食品为龙头的带动和建设，逐步形成了一条稳定而高产的牛奶生产产业链，形成了从奶牛育种到乳制品加工，从品牌建设到市场销售等环节的牛奶供应产业链。
奶牛作为牛奶产业链重要的基础，三元食品始终从源头抓起，改善奶牛品种，培养高产健康奶牛，生产优质乳制品。
的奶源是生产放心奶的关键所在。三元绿荷奶牛养殖中心拥有35个规模化养殖场，分布在北京市的6个郊区县，奶牛总存栏数达到5万多头，年产优质原料奶2.7亿公斤，是华北地区的规模化、集约化与标准化奶牛饲养基地，是三元食品的重要奶源基地。三元绿荷奶牛养殖中心积极引进、推广世界先进的养殖技术和工艺，改造传统养殖产业，首创了科学的EDTM现代奶牛管理体系，打造了集饲料加工、奶牛养殖、疾病防控、食品检测为一体的完整奶牛产业链，是百家标准化良好行为AAAA级企业中的养殖企业，并首批通过国家良好农业规范（GAP）认证并获欧盟认证，荣获国家绿色食品A级证书，是奶牛养殖示范基地。
一直以来，在国家乳品研发与攻关课题中，三元食品一直扮演着重要的角色，许多科研成果达到了国内、先进水平，推出了一系列具有自主知识产权和先进水平的创新产品。
据悉，仅在2010年至2012年，在北京市科委的支持下，三元食品相继开展了“功能性乳清制品开发与产业化研究”“干酪加工关键技术研究与产业化开发”“乳制品加工质量控制体系的建立与应用”等课题研究，以加快乳制品加工关键技术研究与产业化的发展。