2010年6月18-19日，绿色食品协会第三次会员代表大会在京召开。大会审议通过了协会第二届理事会工作报告、《绿色食品协会章程》（修订草案）以及有关管理办法，选举产生了绿色食品协会新一届理事会及领导班子。农业部成员、副部长陈晓华当选协会第三届理事会会长，绿色食品发展中心主任王运浩当选协会第三届理事会常务副会长。
陈晓华在大会上发表了讲话。他指出，行业协会是党凝聚社会的组织载体和党执政的重要社会基础，是发展社会主义市场经济、构建和谐社会的重要力量。无论从满足社会公共服务和促进政府职能转变的角度看，还是从整合社会资源、推动行业发展的角度看，协会都有着不可或缺的作用。绿色食品经过20年的发展，已经成为政府主导的公共品牌，推动农业标准化生产的有效抓手，提高农产品质量水平的重要途径。作为促进绿色食品事业发展的一支重要力量，做好绿色食品协会的工作，进一步发挥协会的职能作用，具有十分重要的意义。
他指出，当前和今后一个时期，绿色食品协会工作的总体要求是，以理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，紧紧围绕促进现代农业建设和农民持续增收的目标，突出推动绿色食品事业持续健康发展的主题，更新发展理念，创新工作思路，拓宽服务领域，强化自律机制，提升工作水平，进一步发挥协会的职能作用，推动协会工作迈上一个新的台阶。一是要进一步发挥协会的桥梁纽带作用，努力做到上情下达和下情上传；二是要强化协会在市场、信息、技术等方面的服务职能，并进一步加强交流与合作，更大规模地组织会员企业“走出去”，学习国外先进的质量管理经验和生产技术，提高企业经营管理水平；三是要积极推进行业自律，规范绿色食品企业生产经营行为，建立良好的绿色食品市场秩序，确保绿色食品产品质量和品牌信誉；四是要继续加强理论研究，不断建立和完善绿色食品理论体系，夯实绿色食品理论基础；五是要切实加强协会自身建设，确保协会各项工作规范有序，不断增强协会的凝聚力和向心力。
协会第二届理事会会长刘连馥同志代表第二届理事会向大会做了题为《坚持科学发展 勇于开拓创新 实现整体提升》的工作报告。报告指出：协会第二届理事会自2004年2月成立以来，坚持以科学发展观为指导，在农业部、民政部、财政部等有关部门的重视和指导下，在绿色食品发展中心的大力支持下，围绕第二次会员代表大会所确定的大力推进绿色食品的化、有效参与经济贸易这一新任务，着重在绿色农业科研与示范方面开展了大量富有创造性的工作，经过全体会员和工作人员的共同努力，取得了显著的成效；同时，也在绿色食品市场培育和协会组织建设等方面做出了许多有益的探索。通过开展这些工作，协会实现了事业目标、组织能力、工作能力和工作成效的提升，并得到了农业部和民政部的肯定。2009年，绿色食品协会被民政部评为3A级协会；2010年，被民政部评为先进社会组织。
农业部农产品质量监管局局长马爱国、副局长金发忠和农业部人事劳动司副司长周清应邀出席大会。来自各绿色食品管理机构、监测机构、地方绿色食品协会和绿色食品企业的会员代表共150多人参加了大会。