十几年来，绿色食品发展中心在农业部的支持下，采取边制定，边试行，边修订的方法，使绿色食品标准体系在实践中不断被修正和完善，迄今，共发布通用性准则、产品标准等72项国家农业行业标准。同时，地方绿色食品管理机构还制定了数十项地方标准，有效地补充了绿色食品标准体系。
1.绿色食品产地环境质量标准
《绿色食品产地环境技术条件》（NY/T391-2000），根据农业生态的特点和绿色食品生产对生态环境的要求，依据现有国家环保标准，对控制项目进行优选。它规范了绿色食品产地环境质量调查、监测、评价的主要内容、方法，规定了大气环境质量标准、农田灌溉水水质标准、渔业水质标准、畜禽饲养用水标准和土壤环境质量标准的各项指标及浓度限值、监测和评价方法。其附录中还提出了绿色食品产地土壤肥力分级和土壤质量综合评价方法。
2.绿色食品生产技术标准
绿色食品生产技术标准是绿色食品标准体系的核心内容，分为三个层次：绿色食品生产的通用准则；绿色食品生产操作规程；绿色食品生产作业历。
绿色食品生产的通用准则是对生产绿色食品过程中物质投入的一个原则性规定，适用，既是绿色食品生产、认证、监督检查的主要依据，也是绿色食品质量信誉的。目前，作为中华人民共和国农业行业标准发布的准则有：《绿色食品食品添加剂使用准则》NY/T392-2000；《绿色食品农药使用准则》NY/T393-2000；《绿色食品肥料使用准则》NY/T394-2000；《绿色食品饲料及饲料添加剂使用准则》NY/T471-2001；《绿色食品兽药使用准则》NY/T472-2001；《绿色食品动物卫生准则》NY/T473-2001；《绿色食品渔药使用准则》NY/T755-2003。在这些准则中对允许、限制和禁止使用的生产资料及其使用方法、使用剂量、使用次数、休药期等做出了明确的规定，从而为截断生产中的污染源，确保产地和产品不受污染提供了。
绿色食品生产操作规程是确保绿色食品产品质量的主要措施，包括农作物种植、畜禽饲养、水产养殖和食品加工等操作规程，以绿色食品的通用准则为依据，按不同农业区域的生产特性、作物种类、畜禽种类分别制定，用于指导绿色食品生产活动，规范绿色食品生产技术的技术规定，地区适用，其核心是化学投入品的使用。区域性的绿色食品生产操作规程目前约有数十项，其中，辽宁省绿色食品发展中心已经制定了绿色食品粮油、蔬菜、水果等19项生产操作规程和4项畜禽产品养殖技术规程。
绿色食品生产作业历是由绿色食品申报企业根据各基地的具体情况，依据绿色食品的通用准则和相应的绿色食品生产操作规程制定，用于指导种植（养殖）户实际操作的“明白纸”。在辽宁省锦州地区的绿色食品蔬菜生产基地，每位种植户手中都有一份“绿色食品蔬菜生产作业历”，依据不同蔬菜品种的特点，简单而通俗地提出了绿色食品棚菜生产的种植要求，使千家万户的生产过程有了统一的技术标准指导。
3.绿色食品产品标准
绿色食品产品标准是绿色食品标准体系的重要组成部分，是衡量绿色食品终产品质量的指标尺度，它反映了绿色食品生产、管理及质量控制水平，是树立绿色食品形象的主要标志。其内容包括外观品质、营养品质及卫生品质三部分，具体体现在原料、感官、理化、微生物学等四个方面的要求。
为了适应绿色食品迅速发展的形势，绿色食品发展中心在范围内组织有关技术力量，有计划、有步骤地制（修）定了一批绿色食品产品标准：1995年经农业部批准作为农业行业标准，首批颁布25项绿色食品产品标准（NY/T268-1995至NY/T292-1995）；2000年颁布20项绿色食品产品标准（NY/T418-2000至NY/T437-2000）；2002年修订绿色食品啤酒、茶叶、乳制品的标准，颁布绿色食品白菜类蔬菜和茄果类蔬菜的产品标准；2003年修订《绿色食品大豆》为《绿色食品豆类》，颁布12项绿色食品标准（NY/T743-2003至NY/T754-2003）。这些标准在检测项目和指标上，一般严于国家标准，达到或接近同类产品的国外先进标准或标准。
4.绿色食品包装、标签、储运标准
《绿色食品包装通用准则》（NY/T658-2002），规定了绿色食品的包装必须遵循卫生、、不浪费资源、不污染环境、可循环利用等原则。绿色食品标签除应符合《食品标签通用标准》（GB7718）外，若是特殊营养食品，还应符合《特殊营养食品标签》（GB/T13432）。标志使用应符合《绿色食品商标标志设计使用规范手册》的要求，凡取得绿色食品标志使用资格的单位，应严格做到“四位一体”，即绿色食品的标准图形、标准字形、编号、防伪标签。绿色食品发展中心根据《绿色食品标志管理办法》及国家有关法规精神，要求绿色食品标志产品加贴绿色食品标志防伪标签。实施绿色食品标志防伪措施，对每个使用绿色食品标志的产品及整个绿色食品形象具有保护和监控作用。