漳州市食品工业协会按照“政府引导、企业主体、部门协作”的原则，依照综合性行业协会登记的有关规定，依托市经贸委组建，其性质定位为食品行业非营利性社会组织，会员主要由食品工业企业、相关行业企业以及食品行业职能部门、事业单位、科研院校、专家学者自愿组成。
漳州市食品工业协会的权力机构是会员代表大会；理事会是会员代表大会的执行机构，在闭会期间领导本协会的日常工作，对会员代表大会负责；协会设立常务理事会，常务理事会由理事会选举产生，在理事会闭会期间行使相关职权，对理事会负责；会长统筹安排协会的相关事宜，检查会员代表大会、理事会、常务理事会决议落实情况等，副会长协助完成；、副主持协会日常事务性工作与实施协会年度工作计划等；并设立：办公室、综合业务部、产业发展部三个部门，配合完成协会相关事宜；各县市食品协会分会为本协会的分支机构；协会设有协会刊物、网站等媒体。其中：
办公室：负责文书、档案、人事、财务管理，办理日常行政事务。
综合业务部：负责与外部食品行业经济技术交流与合作、技术引进、经贸洽谈，负责组织与举办国内外展览活动，做好政府有关部门的委托工作，做好协会会员的发展与服务工作，做好与国内外食品单位的联系与合作事宜。
产业发展部：负责为食品企业、食品院校等科研部门做好食品科学技术的服务工作；安排做好技术引进、技术改造，开发、研究、推广新技术、新设备和新产品，以及人才培训工作。